CLAPで用いる抗菌薬は、「殺菌性」かつ「濃度依存性」の抗菌薬が、濃度を上げることで殺菌作用が期待できるため局所投与に適しています。それに当てはまるのはアミノグリコシド系かキノロン系であり、古くから臨床で使用されて、基礎的なデータも報告があるのはアミノグリコシド系です。そのうち臨床現場で容易に濃度が計測できるのはゲンタマイシンとなります。CLAPでは​高濃度の抗菌薬を移行させることで耐性菌も制圧できるため起炎菌に関係なくゲンタマイシンを第一選択として、無効例はアミノグリコシド系のアルベカシンを用いるようにしています。

　また、CLAPの治療期間中は、抗菌薬の経静脈投与も併用します。局所投与している間は、感染創に抗菌薬が行き渡れば理論上必要ないはずですが、実際にはすべての感染巣には届いていないことも想定できます。また血液中に浮遊していいる細菌には有効なはずです。そのため、全身投与には起炎菌の感受性に合わせた抗菌薬を選択します。次に経静脈投与の投与期間ですが、開放骨折の感染制御のために抗菌薬を使用する場合は、局所投与をやめるときに経静脈投与も中止します。しかし、感染が成立した場合は、慢性骨髄炎に準じて２〜３ヶ月の抗菌薬投与が必要になってきます。