iMAPを留置する位置を考慮する。髄内釘による内固定の場合は、髄内釘に沿って拡散するので骨折部から離れてもよい。また骨幹部ではピンを挿入するスペースがないので骨幹端部で設置できるスペースを探す。プレートや創外固定の場合は、骨折部から５cmくらい離れたところを目指す。慢性骨髄炎で画像診断で髄腔に沿って炎症が拡がっている場合は拡がっている範囲に設置する。

iMAP pinの先端は、2.4mmの谷径であるため、2.4mm K-wireでpre drillしておく。基本的には対側の骨皮質を貫通して固定したほうが固定性はよいが、部位によってはそれが難しい場合がある。先端にネジがあるので髄内にとどめてもある程度の固定性は得られる。患者が仰臥位になって休んだときにpinが垂直に立っていると周囲にあたって緩むことが少ない。

専用のドライバーでiMAP 挿入していく。pinが刺入方向に対して、ぶれないように注意しながら挿入する。遊びが多くなれば刺入部から漏れる原因になる。対側の皮質を少しでたところで挿入を終了する。先端から10mmのところに流出孔がある。パワーツールにつけてpinを刺入すると先端の孔で折損する可能性があるので徒手的に挿入することが望ましい。

尾部にチューブに接続できるコネクターを設置する。感染が成立している場合は骨髄液を採取して培養に提出する。次に、別の注射器を用いて徒手的に生理食塩水を圧入する。スムーズに圧入できない場合は、骨孔に骨くずが詰まっている場合、骨孔が皮質骨にかかっている場合があるため微調整を行う。iMAP pinから髄内に注入できることを確認する。場合によって造影剤を使うこともある。

次に髄内に圧入した生理食塩水が、骨折部や病巣部に流出されることを確認する（通水テスト：flow test）。Pinから骨折部までの距離がある場合や、慢性炎症で髄内が硬化している場合は注入した液が到達しないことがある。K-wireで骨折部から髄内を穿孔したり、皮質から髄腔に向けて穿孔したりして注入した液が流出できるように調整する。

骨折部や病巣にドレナージチューブを配置して流出してきた液を、吸引できるようにする。圧入した液が骨折部から流出し、速やかに吸引管から吸収されることを確認する。本来創部の洗浄は、髄内から外に洗い流すこの経路を用いて行うべきである。閉創の間、洗浄を繰り返してよく洗浄するとチューブが血栓で閉塞することもない。

チューブに何を用いるかはiSAPのところを参照する。ただ、iMAP pinから抗菌薬をinfusionするだけでは、血中濃度が過度に上昇するため、必ずoutflowを作成して循環する＝perfusionすることを確認して手術を終了する。